La cirugía de la obesidad o cirugía bariátrica no está libre de riesgos y pueden surgir complicaciones en el proceso con una probabilidad de entre el 3 y 6%. Principalmente, estas complicaciones son consecuencia de la propia intervención quirúrgica: infecciones, hemorragias o fugas de las suturas hechas durante la operación (fístulas).
Después de la operación, cabe la posibilidad de que aparezcan efectos secundarios; en cada caso puede variar. Los síntomas como: dolor abdominal, alteraciones del ritmo intestinal, vómitos, entre otros, son los más significativos. Además, transcurrido más tiempo desde la intervención, el paciente puede presentar déficits de hierro, calcio, vitaminas, etc. El riesgo de volver a ganar peso también debe ser considerado. Además, pueden darse secuelas estéticas en aquellos pacientes que pierdan una gran cantidad de peso.